python讀取dicom圖像示例(SimpleITK和dicom包實(shí)現(xiàn))
更新時(shí)間：2020年01月16日 17:15:03 作者：愿十四億神州盡舜堯
今天小編就為大家分享一篇python讀取dicom圖像示例(SimpleITK和dicom包實(shí)現(xiàn))，具有很好的參考價(jià)值，希望對(duì)大家有所幫助。一起跟隨小編過(guò)來(lái)看看吧
1. 用SimpleITK讀取dicom序列：
import SimpleITK as sitk import numpy as np img_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\original\\1' mask_path='F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1' reader = sitk.ImageSeriesReader() img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path) reader.SetFileNames(img_names) image = reader.Execute() image_array = sitk.GetArrayFromImage(image) # z, y, x reader = sitk.ImageSeriesReader() mask_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(mask_path) reader.SetFileNames(mask_names) mask = reader.Execute() mask_array = sitk.GetArrayFromImage(mask) # z, y, x
2. 用dicom讀取單張dicom圖像并顯示：
import dicom
import pylab
ds=dicom.read_file("F:\\dataset\\pancreas\\Output\\thick\\groundtruth\\1\\FILE0001_seg.dcm")
pixel_bytes = ds.PixelData
##CT值組成了一個(gè)矩陣
pix = ds.pixel_array
##讀取顯示圖片
pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone)
pylab.show()
如果要對(duì)dicom圖像中的像素值進(jìn)行修改，繼續(xù)執(zhí)行以下代碼：
##修改圖片中的元素，不能直接使用data_array,需要轉(zhuǎn)換成PixelData
for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300
if val < 300:
ds.pixel_array.flat[n]=0
ds.PixelData = ds.pixel_array.tostring()
ds.save_as("newfilename.dcm")
3. 此外，用pydicom也可讀取dicom圖像
以上這篇python讀取dicom圖像示例(SimpleITK和dicom包實(shí)現(xiàn))就是小編分享給大家的全部?jī)?nèi)容了，希望能給大家一個(gè)參考，也希望大家多多支持腳本之家。
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