使用Nibabel庫對nii格式圖像的讀寫操作
更新時間：2020年07月01日 09:43:13 作者：darren711
這篇文章主要介紹了使用Nibabel庫對nii格式圖像的讀寫操作，具有很好的參考價值，希望對大家有所幫助。一起跟隨小編過來看看吧
因為后期主要的研究方向是醫(yī)學圖像處理，而現(xiàn)有手頭的大部分數(shù)據(jù)都是nii格式或者是hdr，img格式的數(shù)據(jù)，所以首先第一步我們需要解決圖像的讀寫問題。
其實使用OpenCV也可以方便的進行圖像讀取，但是這里暫時只學習Nibabel這個庫，后面有時間的話再研究OpenCV在python中的使用。
Nibabel的安裝
可以通過pip進行安裝
pip install nibabel
簡單的圖像讀取和存儲操作
import os import nibabel as nib # 讀取圖像 path='C:\Users\Darren\Desktop\example.nii.gz' img=nib.load(path) # 查看圖像的長寬高 img.shape # 圖像進行仿射變換 img.affine.shape # 保存圖像 path_save='C:\Users\Darren\Desktop\example_save.nii.gz' img.to_filename(path_save) 或者 nib.save(img,path_save)
補充知識：使用SimpleITK讀取NII格式三維圖像注意事項
SimpleITK
Python中SimpleITK被廣泛用于醫(yī)學圖像的處理任務中，功能非常強大，但是使用的時候還需注意，尤其在圖像讀取時一定要注意維度。
讀取NII格式的圖像
#讀取并顯示NII圖像文件 from matplotlib import pyplot as plt import SimpleITK as sitk img_path = 'res.nii.gz' I = sitk.ReadImage(img_path) img = sitk.GetArrayFromImage(I) plt.imshow(img[1,...], cmap='gray', interpolation='bicubic') plt.xticks([]), plt.yticks([]) and Y axis plt.show()
上面的代碼很簡單，不多做解釋，加入我們在最后加上
print(img.shape)
如果輸出（300,200,120），其中分別表示該三維體數(shù)據(jù)在Z軸，Y軸，X軸上的尺寸，這和MATLAB以及ImageJ都有點不同，后續(xù)處理一定要注意。
以上這篇使用Nibabel庫對nii格式圖像的讀寫操作就是小編分享給大家的全部內(nèi)容了，希望能給大家一個參考，也希望大家多多支持腳本之家。
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