R語(yǔ)言數(shù)可視化Split?violin?plot小提琴圖繪制方法
更新時(shí)間：2022年02月17日 14:37:43 作者：黃小仙
這篇文章主要為大家介紹了R語(yǔ)言數(shù)可視化Split?violin?plot小提琴圖繪制方法，有需要的朋友可以借鑒參考下，希望能夠有所幫助，祝大家多多進(jìn)步
最近小仙同學(xué)在好幾篇文獻(xiàn)里看到了這種小提琴圖，暫時(shí)就膚淺地認(rèn)為這是作者為了更好地比較對(duì)照組與實(shí)驗(yàn)組的差別，所以將同一個(gè)基因的小提琴圖各畫了一半，放在一起。為了跟上可視化的潮流，小仙也來嘗試畫一下這個(gè)沒查到正經(jīng)名字的圖。
Step1. 繪圖數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備
首先要把你想要繪圖的數(shù)據(jù)調(diào)整成R語(yǔ)言可以識(shí)別的格式，建議大家在excel中保存成csv格式。
作圖數(shù)據(jù)格式如下：
Step2. 繪圖數(shù)據(jù)的讀取
data<-read.csv(“your file path”, header = T) #注釋：header=T表示數(shù)據(jù)中的第一行是列名，如果沒有列名就用header=F
Step3. 繪圖所需package的安裝、調(diào)用
library(ggunchained)
library(reshape2)
# 注釋：package使用之前需要調(diào)用
# 注釋：今天用的ggunchained是ggplot2一個(gè)拓展包，今天要用的函數(shù)geom_split_violin()需要調(diào)用這個(gè)包，
# ggunchained安裝語(yǔ)句： library(devtools) install_github("JanCoUnchained/ggunchained")
# devtools安裝語(yǔ)句：install. packages("devtools")
Step4. 繪圖
data_melt<-melt(data,id.vars = "Sample") # 注釋：將原始的寬數(shù)據(jù)變成長(zhǎng)數(shù)據(jù)，方便畫圖 p<-ggplot(data_melt,aes(x=variable,y=value,fill=Sample))+geom_split_violin() p
Step5. 美化
p<-ggplot(data_melt,aes(x=variable,y=value,fill=Sample))+geom_split_violin()+
scale_fill_manual(values = c("#7697CB","#D293C1"))+
theme_bw()
p
其實(shí)今天的畫圖語(yǔ)句也比較簡(jiǎn)單，關(guān)鍵就是找到了合適的包以及函數(shù)，這就不得不贊一下開源軟件R的優(yōu)勢(shì)，對(duì)于初學(xué)者非常友好，不需要精通編程也可以做成很多事情。
對(duì)圖片質(zhì)量要求比較高、想讓小提琴圖取消變平滑的朋友，可以參考我之前的分享《R語(yǔ)言繪圖技巧導(dǎo)出高清圖方法》，今天的分享就到這里啦，更多關(guān)于R語(yǔ)言繪圖Split violin plot的資料請(qǐng)關(guān)注腳本之家其它相關(guān)文章！
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