R語(yǔ)言繪制line?plot線圖示例詳解
最近小仙同學(xué)在Nature Cell Biology上看到了這樣一張圖，很常見(jiàn)的折線圖畫(huà)成這個(gè)樣子——原來(lái)很常見(jiàn)的圖標(biāo)類型也可以“煥發(fā)新春”！
今天小仙同學(xué)就嘗試用R復(fù)刻一張類似的折線圖。
Step1. 繪圖數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備
首先要把你想要繪圖的數(shù)據(jù)調(diào)整成R語(yǔ)言可以識(shí)別的格式，建議大家在excel中保存成csv格式。
數(shù)據(jù)的格式如下圖：一列表示一種變量，最后一列是每一行的行名。
假設(shè)我們有一組單細(xì)胞測(cè)序的基因表達(dá)量數(shù)據(jù)，第一至九列表示9種基因，第十列表示每一行細(xì)胞的標(biāo)簽。
Step2. 繪圖數(shù)據(jù)的讀取
data<-read.csv(“your file path”, header = T)
#注釋：header=T表示數(shù)據(jù)中的第一行是列名，如果沒(méi)有列名就用header=Fave<-read.csv(“your file path”, header = T)
#注釋：ave表示平均值數(shù)據(jù)
Step3. 繪圖所需package的安裝、調(diào)用
library(ggplot2)
library(reshape2)
#注釋：package使用之前需要調(diào)用
Step4. 繪圖
data_melt<-melt (data, id.vars=“Cell”)
ave_melt<-melt (ave, id.vars = “Type”)
#注釋：melt()函數(shù)把表格中的寬數(shù)據(jù)變成長(zhǎng)數(shù)據(jù)，注意id.vars對(duì)應(yīng)的參數(shù)是相應(yīng)標(biāo)簽列的列名
>p<-ggplot()+geom_line(data=data_melt,aes(x=variable,y=value,group=Cell),size=1,colour="gray")+ geom_line(data=ave_melt, aes(x=variable,y=value,group=Type),size=2,colour="#E3191C")+ theme(panel.background = element_blank(),axis.line = element_line(colour = "black"), panel.border = element_rect(colour ="black",fill=NA)) >p
好啦，今天的分享就到這里了。
今天小仙同學(xué)還想留一個(gè)問(wèn)題，如果有很多個(gè)excel文件要轉(zhuǎn)存為csv格式，手動(dòng)操作是不是太慢了一點(diǎn)呢，用什么方法可以快一點(diǎn)呢？小仙同學(xué)有一個(gè)方法，下次揭曉哦!
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