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R包c(diǎn)lusterProfiler如何安裝成功(新手必看!)

更新時(shí)間：2023年02月13日 11:07:37 作者：育種數(shù)據(jù)分析之放飛自我

最近在我以為ClusterProfiler已經(jīng)安裝好的時(shí)候,又遇到了一些問(wèn)題,所以這篇文章主要給大家介紹了關(guān)于R包c(diǎn)lusterProfiler如何安裝成功的相關(guān)資料,需要的朋友可以參考下

前言

里面有些坑，寫篇博客介紹一下。

R包clusterProfiler是生物信息分析匯總，基因富集分析可視化經(jīng)常用到的R包，但是安裝時(shí)，新手經(jīng)常會(huì)遇到一些問(wèn)題，這里簡(jiǎn)單總結(jié)一下。

看重點(diǎn)：正確的安裝方式

官網(wǎng)：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html

在R中運(yùn)行下面命令，安裝即可：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")

1. 在CRAN中用install.packages()安裝

install.packages("clusterProfile")

安裝報(bào)錯(cuò)：

> install.packages("clusterProfile")
(因?yàn)椤甽ib'沒(méi)有被指定)
Warning in install.packages :
  package ‘clusterProfile' is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages
>

報(bào)錯(cuò)原因，因?yàn)?code>clusterProfile不在CRAN中，所以不能通過(guò)install.packages進(jìn)行安裝。

2. 安裝bioconductor報(bào)錯(cuò)

有時(shí)候，知道在bioconductor中，于是還是安裝：

install.packages("bioconductor")

報(bào)錯(cuò)如下：

> install.packages("bioconductor")

(因?yàn)椤甽ib'沒(méi)有被指定)
Warning in install.packages :
  package ‘bioconductor' is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

3. 正確而順利的安裝方法

3.1 安裝最新版R

目前是4.2.1，因?yàn)镽4.2之前的clusterProfiler有bug，kegg聯(lián)網(wǎng)會(huì)報(bào)錯(cuò)，新版本沒(méi)有問(wèn)題了。

3.2 安裝Rtools4.2

這是單機(jī)軟件，地址：https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/rtools42/rtools.html

3.3 配置鏡像

在Rstudio中，將下載鏡像變?yōu)橹袊?guó)的，下載速度會(huì)快很多。

3.4 正式安裝

在Rstudio中運(yùn)行安裝代碼：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")

這中間會(huì)安裝許多依賴包，如果有某個(gè)包安裝報(bào)錯(cuò)了，就單獨(dú)安裝那個(gè)包，安裝成功后，在運(yùn)行安裝clusterProfiler的代碼。

4. 配置建議

R最新版的R4.2.1
安裝Rtools（windows系統(tǒng)建議）
安裝路徑不要有中文路徑
如果電腦用戶名是中文的，建議新建一個(gè)英文用戶名，然后登錄安裝
配置鏡像，提升安裝速度

總結(jié)

到此這篇關(guān)于R包c(diǎn)lusterProfiler如何安裝成功的文章就介紹到這了,更多相關(guān)R包c(diǎn)lusterProfiler安裝成功內(nèi)容請(qǐng)搜索腳本之家以前的文章或繼續(xù)瀏覽下面的相關(guān)文章希望大家以后多多支持腳本之家！