關(guān)于torch.scatter與torch_scatter庫(kù)的使用整理
最近在做圖結(jié)構(gòu)相關(guān)的算法,scatter能把鄰接矩陣?yán)锏男畔⑿薷?,或者把鄰居分組算個(gè)sum或者reduce,挺方便的,簡(jiǎn)單整理一下。
torch.scatter 與 tensor._scatter
Pytorch自帶的函數(shù),用來將作為 src 的tensor根據(jù) index 的描述填充到 input 中,
形式如下:
ouput = torch.scatter(input, dim, index, src) # 或者是 input.scatter_(dim, index, src)
兩個(gè)方法的功能是相同的,而帶下劃線的 _scatter 方法是將原tensor input 直接修改了,不帶的則會(huì)返回一個(gè)新的tensor output , input 不變。
其中 dim 決定 index 對(duì)應(yīng)值是沿著哪個(gè)維度進(jìn)行修改。而 src 為數(shù)據(jù)來源,當(dāng)其為tensor張量時(shí),shape要和index相同,這樣index中每個(gè)元素都能對(duì)應(yīng) src 中對(duì)應(yīng)位置的信息。
理解 scatter 方法主要是要理解 index 實(shí)現(xiàn)的 src 和 input 之間的位置對(duì)應(yīng)關(guān)系,舉個(gè)例子:
dim = 0 index = torch.tensor( [[0, 2, 2], [2, 1, 0]] )
dim 為0時(shí),遵循的映射原則為: input[index[i][j]][j] = src[i][j] .
也就是說,將位置 (i, j) 中 dim 對(duì)應(yīng)的位置改為 index[i][j] 的值。
如位置(1,0),index[1][0]為2,則映射后的位置為(2,0),意味著 input 中(2,0)的位置被更改為 src 中(1,0)位置的值。
我個(gè)人形象理解是這些值會(huì)沿著dim方向滑動(dòng),上面例子中src[1][0]位置的值滑到2,成為input中的新值,這樣理解起來更形象一點(diǎn)。
基本理解了上面這個(gè)例子,多維情況和不同dim的情況都可以類推了。
需要注意:src和input的dtype需要相同,不然會(huì)報(bào)
Expected self.dtype to be equal to src.dtype
不一樣就先轉(zhuǎn)換再使用。
t = torch.arange(6).view(2, 3) t = t.to(torch.float32) print(t) output = torch.scatter(torch.zeros((3, 3)), 0, torch.tensor([[0, 2, 2], [2, 1, 0]]), t) print(torch.zeros((3, 3)).scatter_(0, torch.tensor([[0, 2, 2], [2, 1, 0]]), t))
輸出:
tensor([[0., 1., 2.],
[3., 4., 5.]])
tensor([[0., 0., 5.],
[0., 4., 0.],
[3., 1., 2.]])
torch_scatter庫(kù)
這個(gè)第三方庫(kù)對(duì)矩陣的分組處理這個(gè)概念做了更進(jìn)一步的封裝,通過index來指定分組信息,將元素分組后進(jìn)行對(duì)應(yīng)處理,
最基礎(chǔ)的scatter方法形式如下:
torch_scatter.scatter(src, index, dim, out, dim_size, reduce)
src: 數(shù)據(jù)源index:分組序列dim:分組遵循的維度out:輸出的tensor,可以不指定直接讓函數(shù)輸出dim_size:out不指定的時(shí)候,將輸出shape變?yōu)樵撝荡笮。籨im_size也不指定,就根據(jù)計(jì)算結(jié)果來reduce:分組的操作,包括sum,mul,mean,min和max操作
這個(gè)方法理解關(guān)鍵在 index 的分組方法,
舉個(gè)例子:
dim = 1 index = torch.tensor([[0, 1, 1]])
torch_scatter.scatter 對(duì) index 的順序是沒有特定規(guī)定的,相同數(shù)字對(duì)應(yīng)的元素即為一組。
比如例子中,維度1上的第0個(gè)元素為一組,第1和2元素為另一組。
這樣,按照分組進(jìn)行reduce定義的計(jì)算即可獲得輸出。如:
t = torch.arange(12).view(4, 3) print(t) t_s = torch_scatter.scatter(t, torch.tensor([[0, 1, 1]]), dim=1, reduce='sum') print(t_s)
輸出:
tensor([[0, 1, 2],
[3, 4, 5],
[6, 7, 8]])
tensor([[ 0, 3],
[ 3, 9],
[ 6, 15]])
可以看出,每行的后兩個(gè)元素求了和,與index定義相同。
要注意的是,index的 shape[0] 為1時(shí),會(huì)自動(dòng)對(duì)dim對(duì)應(yīng)的維度上每一層進(jìn)行相同的分組處理,如上例所示,index大小為(1, 3),即對(duì)src的三行數(shù)據(jù)都進(jìn)行了分組處理。
而另一種分組方式,如需要每行分組不同,則需要index的shape和src的shape相同,如下例:
t = torch.arange(12).view(4, 3) print(t) t_s = torch_scatter.scatter(t, torch.tensor([[0, 1, 1], [1, 1, 0], [0, 1, 1], [1, 1, 0]]), dim=1, reduce='sum') print(t_s)
輸出:
tensor([[0, 1, 2],
[3, 4, 5],
[6, 7, 8]])
tensor([[ 0, 3],
[ 5, 7],
[ 6, 15]])
shape不相同時(shí),則會(huì)報(bào)錯(cuò)提示:
RuntimeError: The expanded size of the tensor (3) must match the existing size (2) at non-singleton dimension 0 .
同時(shí),該庫(kù)還給出了另外兩種方法,分別為 torch_scatter.segment_coo 和 torch_scatter.segment_csr .
torch_scatter.segment_coo
torch_scatter.segment_coo 和 scatter 的功能差不多,但它只支持index的shape[0]為1的狀態(tài),即每一行都為相同的分組方式。
同時(shí),index中數(shù)值為順序排列,以提高計(jì)算速度。
torch_scatter.segment_csr
torch_scatter.segment_csr 的index格式不太相同,是一種區(qū)間格式,如[0, 2, 5],表示0,1為一組,2,3,4為一組,即取數(shù)值間的左閉右開區(qū)間。
這個(gè)方法是計(jì)算速度最快的。
官方文檔地址
torch_scatter庫(kù)doc
https://pytorch-scatter.readthedocs.io/en/latest/functions/scatter.html
torch.scatter文檔
總結(jié)
以上為個(gè)人經(jīng)驗(yàn),希望能給大家一個(gè)參考,也希望大家多多支持腳本之家。
- PyTorch中torch.load()的用法和應(yīng)用
- python中torch.load中的map_location參數(shù)使用
- Pytorch中的torch.nn.Linear()方法用法解讀
- Pytorch中的torch.where函數(shù)使用
- python中的List sort()與torch.sort()
- PyTorch函數(shù)torch.cat與torch.stac的區(qū)別小結(jié)
- pytorch.range()和pytorch.arange()的區(qū)別及說明
- 使用with torch.no_grad():顯著減少測(cè)試時(shí)顯存占用
- PyTorch中torch.save()的用法和應(yīng)用小結(jié)
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