Python如何用字典完成匹配任務(wù)
更新時(shí)間：2024年09月13日 09:34:18 作者：小豬崽子～
在生物信息學(xué)領(lǐng)域,經(jīng)常需要根據(jù)基因名稱匹配其對(duì)應(yīng)的編號(hào),本文介紹了一種通過字典進(jìn)行基因名稱與編號(hào)匹配的方法,首先定義一個(gè)空列表存儲(chǔ)對(duì)應(yīng)編號(hào),對(duì)于字典中不存在的基因名稱,其編號(hào)默認(rèn)為0
1. 問題描述
如下左圖為編號(hào)與gene名稱的對(duì)應(yīng)關(guān)系（此處僅顯示前10條），已存為字典（map_gene）
右圖為我們需要去匹配的gene名稱，如何根據(jù)基因名稱給出對(duì)應(yīng)的編號(hào)？
2. 解決方案
2.1 定義變量
首先，我們定義一個(gè)空的list來(lái)存儲(chǔ)gene對(duì)應(yīng)的編號(hào)，且因部分gene在字典map_gene中不存在，故需記錄可匹配到的個(gè)數(shù)。
# 定義變量 m = [] # 存儲(chǔ)對(duì)應(yīng)編號(hào)的list t = 0 # 記錄map_gene中可以匹配到的gene個(gè)數(shù) n = 0 # 記錄map_gene中不存在的gene個(gè)數(shù)
2.2 匹配gene對(duì)應(yīng)的編號(hào)
# 遍歷gene列表，若在map_gene中可匹配到，則保存對(duì)應(yīng)編號(hào)；否則返回0.
for i in range(len(gene)):
if gene[i] in map_gene.keys():
m.append(map_gene[gene[i]])
t = t+1
else:
m.append(0)
n = n+12.3 將匹配好的結(jié)果導(dǎo)出存為csv格式
# 導(dǎo)出到csv
data = np.vstack(gene,m)
df = pd.DataFrame(data)
df.to_csv('gene_match.csv')csv文檔截圖如下，僅選取0-20gene展示結(jié)果，其中第18個(gè)gene rutr在gene_map中無(wú)匹配，故編號(hào)為0.
總結(jié)
匹配成功，撒花完結(jié)。
以上為個(gè)人經(jīng)驗(yàn)，希望能給大家一個(gè)參考，也希望大家多多支持腳本之家。
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