使用HDFView預覽HDF5文件的詳細操作
最近在處理一些數(shù)據(jù)文件時,經(jīng)常會遇到 .h5?、.hdf5? 這類后綴的文件。
如果只是想確認文件里有什么數(shù)據(jù)、有哪些字段、數(shù)組維度是多少,直接寫代碼讀當然可以,但有點麻煩。更方便的辦法是先用一個可視化工具打開看看。
這里簡單介紹一下 HDF5 格式,以及一個常用的 HDF5 查看工具:HDFView。
什么是 HDF5 數(shù)據(jù)格式?
HDF5,全稱是 Hierarchical Data Format version 5 (層次式數(shù)據(jù)格式第五代),可以理解成一種適合存儲復雜科學數(shù)據(jù)的文件格式。
它和普通的 CSV、Excel 不太一樣。
CSV 更像是一張二維表,而 HDF5 更像是一個“小型文件系統(tǒng)”。一個 HDF5 文件里面可以有目錄、數(shù)據(jù)集、屬性等結構。
比如一個 .h5? 文件內(nèi)部可能長這樣:
/ ├── images │ ├── train │ └── test ├── labels ├── metadata └── config
其中:
? Group:類似文件夾,用來組織數(shù)據(jù)
? Dataset:真正存儲數(shù)據(jù)的地方,比如矩陣、數(shù)組、圖像、時間序列
? Attribute:附加信息,比如單位、采樣率、實驗條件、數(shù)據(jù)說明
所以 HDF5 很適合用來保存:
? 科研實驗數(shù)據(jù)
? 大規(guī)模矩陣
? 圖像數(shù)據(jù)集
? 深度學習訓練數(shù)據(jù)
? 傳感器時間序列
? 仿真結果
? 生物信息學數(shù)據(jù)
它的一個優(yōu)點是可以把很多相關數(shù)據(jù)放在同一個文件里,而且結構比較清晰。缺點是,如果沒有專門工具,直接雙擊是看不了的。
什么是 HDFView?
雖然我們可以使用 Python 或 MATLAB 代碼來查看 HDF5 文件的結構,但是比較麻煩。
HDFView 是 HDF Group 官方推出的一款基于 Java 的跨平臺圖形化瀏覽器。
GitHub地址:https://github.com/HDFGroup/hdfview
使用 HDFView,你可以:
? 以樹狀目錄結構直觀地瀏覽 HDF5 文件的組、數(shù)據(jù)集和屬性。
? 雙擊數(shù)據(jù)集直接以表格形式查看具體數(shù)值。
HDFView 的安裝步驟
HDFView 的官方開源倉庫位于:HDFGroup/hdfview。
1. 下載安裝包
1. 訪問 HDFView 在 GitHub 的發(fā)布頁面:HDFView Releases。
2. 在最新的 Release 版本(例如 3.4.1 或更高)下,根據(jù)你的操作系統(tǒng)下載對應的安裝包:
○ Windows:下載 .msi? 安裝包(例如 HDFView-3.4.1-Windows.msi?)。
○ macOS:下載 .dmg? 鏡像
○ Linux:下載 .tar.gz? 壓縮包。
2. 安裝過程
? Windows:雙擊運行 .msi? 引導程序,按照提示一路點擊“Next”即可。默認會安裝在 C:\Users\<用戶名>\AppData\Local\HDFView\?。
? macOS:雙擊 .dmg? 文件,將 HDFView 圖標拖入應用程序(Applications)文件夾。
? Linux:解壓壓縮包,運行解壓目錄下的啟動腳本。
HDFView如何使用
用HDFView打開一個文件后,
左側是樹狀視圖,可以查看文件夾和數(shù)據(jù)集層級,右側是數(shù)據(jù)的屬性信息,主要看維度信息和數(shù)據(jù)存儲格式信息

雙擊左側的數(shù)據(jù)集可以預覽數(shù)據(jù)內(nèi)容

常見問題
Windows 啟動報錯 "failed to launch jvm" 怎么辦?
這是 Windows 用戶在安裝后最常遇到的啟動錯誤。
為什么會報錯呢?
這是因為 HDFView 運行需要依賴其內(nèi)置的 Java 虛擬機(JVM)和 HDF5 動態(tài)鏈接庫(DLL)。如果你的電腦上安裝了 Miniforge/Anaconda (Python 環(huán)境) 或 MATLAB 等同樣自帶 HDF5 庫的軟件,并且它們在系統(tǒng)環(huán)境變量 PATH? 中排在前面,Windows 就會錯誤地去調用這些軟件的 DLL,從而導致 JVM 啟動失敗。
完美的解決辦法
1. 打開 PowerShell。
2. 粘貼并運行以下代碼(它會自動為 HDFView 注入局部環(huán)境變量,解決沖突):
$p = "C:\Users\Achuan-2\AppData\Local\HDFView" # 替換為你的實際安裝目錄
$exePath = Get-ChildItem -Path $p -Filter "HDFView.exe" -Recurse -ErrorAction SilentlyContinue | Select-Object -First 1
$installDir = $exePath.DirectoryName
$regPath = "HKCU:\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\App Paths\HDFView.exe"
if (-not (Test-Path $regPath)) { New-Item -Path $regPath -Force | Out-Null }
Set-ItemProperty -Path $regPath -Name "(Default)" -Value $exePath.FullName
Set-ItemProperty -Path $regPath -Name "Path" -Value "$(Join-Path $installDir 'app');$(Join-Path $installDir 'runtime\bin')"之后就可以雙擊打開h5文件了
到此這篇關于使用HDFView預覽HDF5文件的詳細操作的文章就介紹到這了,更多相關HDFView預覽HDF5文件內(nèi)容請搜索腳本之家以前的文章或繼續(xù)瀏覽下面的相關文章希望大家以后多多支持腳本之家!
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